จากคำบอกเล่าสืบต่อกันมาว่า บริเวณปากคลองฉลุย ได้มีราษฎรกลุ่มหนึ่งนำสิ่งของมาแลกเปลี่ยนกันเป็นจำนวนมาก ทำให้บริเวณนี้มีราษฎรอาศัยอยู่มาก จึงเรียกกันว่า "ปากคลองฉลุย" หรือ "กะลุย" และราษฎรทั่วไปจะเรียกกันติดปากว่า "ปากฉลุย" ในปี 2431 ได้รับการประกาศจัดตั้งเป็นตำบล และใช้ชื่อว่าตำบลปากฉลุย ตั้งแต่บัดนั้นมา
     องค์การบริหารส่วนตำบลปากฉลุย ได้รับการจัดตั้งเป็นองค์การบริหารส่วนตำบล ตามประกาศกระทรวงมหาดไทย ลงวันที่ 16 ธันวาคม 2539 ลำดับที่ 3017 และประกาศในราชกิจจานุเบกษา ฉบับประกาศทั่วไป เล่ม 113 ตอนพิเศษ 52 ง ลงวันที่ 25 ธันวาคม 2539 ซึ่งมีผลใช้บังคับตั้งแต่วันที่ 23 กุมภาพันธ์ 2540 เป็นต้นไป

คำขวัญขององค์การบริหารส่วนตำบลปากฉลุย

"บัวผุดงามตระการ  สืบสานประเพณี  มากมีปาล์มยางพารา  บูชาอาจารย์ประนม  อุดมด้วยสมุนไพร"